顺应潮流:仅血浆ctDNA-MRD样品的应用前景!

2022-02-28 03:19:12 来源:
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"酪氨酸被纳入MRD测定的潜质是明确的,希望这些成果将之后必要性提极高下一代MRD测定的效能。"

前列腺癌的MRD测定是一种灵敏且特异的可用风险评估前列腺癌病患者血液之中源性遗传信息(如ctDNA)相比数量的步骤。在这种状态下,病患者无法人眼可见的皮下,但确实不存在标准化药理学相片步骤无法测定到但最终会加剧前列腺癌住院的或多或少皮下。

MRD,常称为或多或少残存皮下(Minimal Residual Disease)。技术的发展于“Minimal” (或多或少)这个词,是因为它在手抄本和药理学专家之中愈来愈常以。不过,“Minimal”这个词似乎具有“误导性”,因为长期的病变在病症和疗程议程不足之处也似乎具有极为重要含义。“Measurable”(可测量)一词可愈来愈吻合地描述残不存在病症体内的免疫细胞的不存在。NCCN指南同时技术的发展于了“Minimal Residual Disease”(或多或少残存皮下)和“Measurable Residual Disease”(可测量残存皮下)两个该词。

此外,可行性深入研究表明在分子水平上测定多种前列腺癌各种类型的ctDNA比方说具有药理学益处,手抄本和药理学专家有时也会技术的发展于“Molecular Residual Disease”(分子残存皮下)一词。

持续发展,国内外在单一之中基于ctDNA的MRD风险评估(ctDNA-MRD)的药理学数据资料和确凿越来越多,开启了单一肉瘤MRD测定的热潮。单一肉瘤ctDNA-MRD测定的核心技术流派主要有两大类:

1)Tumor-informed assays(知晓深入研究)

对原发其组织透过测序以鉴定病患者的特异DNA组变异图谱,然后设计引物定制panel或技术的发展于一般而言panel透过个性化的ctDNA测定深入研究。

2)Tumor-uninformed assays(不知晓深入研究)

也可以称为Tumor-agnostic assays或Tumor-naïve assays,即无必需原发其组织,大部分依赖于四组预先选定引物/探针设计的与前列腺癌各种类型就其的一般而言panel透过ctDNA测定深入研究,平常测定ctDNA等位DNA的同时,辅以ctDNA酪氨酸或片段组学等的大学步骤。弥补了其组织样本严重不足或风险评估碱基严重不足或TAT较短等缺陷。

Tumor-informed assays的核心技术策略愈来愈符合普罗大众的感知,在保障极高甲基化的前提下,可通过风险评估多碱基的sample-level(样本水平)必要性必要性提极高其阈值,核心技术投票率值得注意不是特别极高。Tumor-uninformed assays的核心技术策略愈来愈类似于早于筛,通过必要性提极高site-level(碱基水平)测定阈值并辅以ctDNA酪氨酸或片段组学并相结合机器学习算法必要性必要性提极高其阈值和甲基化,核心技术投票率值得注意较极高。

2021年4月29日,《Clinical Cancer Research》在线登载了“大部分技术的发展于血红素ctDNA测定结癌病患者或多或少残存皮下(MRD)”的文章,首次公开了Guardant Reveal的深入研究数据资料:MRD测定阈值约到91%,甲基化约100%,这些见到支持了大部分血红素ctDNA-MRD测定(Tumor-uninformed assays)的潜在药理学技术的发展。

2021年8月13日,《Clinical Cancer Research》在线登载了“顺应潮流:大部分血红素ctDNA-MRD测定的技术的发展前景”的文章,在这里深入深入研究们提问风险评估了大部分血红素ctDNA测定MRD的能力,以及将酪氨酸整合到ctDNA测定的潜在好处。2

Parikh及其威尔森1 和Taieb及其威尔森3 提问了大部分血红素ctDNA-MRD测定在结癌(CRC)病患者之中的潜在药理学技术的发展。

▲ ctDNA酪氨酸和等位DNA在两项深入研究之中的技术的发展非常(Parikh和Taieb)

结癌(CRC)的疗程仅仅随之而来着一个再一,即大多的CRC病患者因早于期疾病住院而过早于死亡。尽管药理学有别于了标准化的辅助疗程,但极高风险IIIC期CRC病患者的5年生存率也大部分有53%,话虽如此是无法见到具体步骤上未测定到的或多或少残存皮下(MRD)。4

在此之前,仍迫切能够吻合确定哪些病患者术后不存在MRD,以协助教导降低或降低辅助疗程,并降低救活的似乎性,同时并能地降低可避免疗程的就其毒性。

在从前的几年里,我们对ctDNA在CRC诊断和病症之中的技术的发展有了普遍的认识到。在此之前,基于ctDNA的MRD风险评估正普遍技术的发展于前列腺癌的疗程之中。

ctDNA是由DNA的预告片段组成(据估计130-150bp),由免疫细胞通过凋亡、肺部或分泌释放到循环系统之中。 ctDNA的半衰期较短所致其成为敏感的实时损耗标志物,它的不存在似乎反映了具体步骤上看不见的微转移。

在救活性疗程结束后,ctDNA之中显现出的体细胞等位DNA对随后的具体步骤住院具有较极高的中性预测价值,特别是当这些等位DNA与切除的其组织之中的等位DNA相匹配时。测定这种ctDNA;也设的MRD可以在I-III期CRC之中提前具体步骤数月预测住院,从而为四组最终会住院的CRC病患者提供者一个风险评估另行疗法的窗口。然而,这些ctDNA制度化等位DNA;也设的MRD测定步骤的阈值仅仅是极小的,迫切能够改进其测定效能。

ctDNA的酪氨酸测定优于ctDNA的制度化等位DNA测定。ctDNA的酪氨酸异平常CRC之中非常常见,并被认作大多数癌变的早于期阶段。这种酪氨酸,具体;也设为DNA之中胞嘧啶的C5位置添加甲基羧基,调节周边地区DNA的表约,包括经典电影的抑癌DNA失活。与制度化等位DNA相比,CRC之中不存在愈来愈多的酪氨酸反常区域,为必要性提极高MRD测定的阈值提供者了机会。SEPT9,就是第一个利用血液测定单DNA酪氨酸反常透过筛查和早于期测定CRC的步骤。尽管ctDNA酪氨酸有这些缺点,但这些相近的特性也能够行事,以保持测定深入研究的甲基化,并尽量避免;也中性的似乎性。

在这种或多或少下,Parikh和Taieb的都将最另行深入研究结果为我们对ctDNA效能的解读提供者了有用的补充,即无必需原发其组织,大部分通过血液ctDNA酪氨酸或联合ctDNA等位DNA即可透过吻合的MRD风险评估。与其他能够对原发其组织透过测序以教导后续ctDNA深入研究的测定相同,都将深入研究探讨了Tumor-uninformed assays的有效性,它有几个军事优势,包括快速的TAT,降低初始效率,对其组织严重不足或不可用的病患者透过风险评估。

Parikh等人提供者了一种ctDNA酪氨酸相结合ctDNA制度化等位DNA的一般而言panel透过MRD的深入研究风险评估(NGS步骤),与其他商业上可用的MRD测定步骤相比,这种步骤不能够切除的其组织以及定制化。在最终疗程后技术的发展于时,这种大部分血红素ctDNA-MRD测定对住院具有药理学含义的甲基化(100%)和阈值(55.6%),通过整合表征DNA组形态和纵向风险评估深入研究,其阈值可必要性必要性提极高至91%。1 该步骤被可用正在透过的必要性深入研究,包括教导IIA期结肠癌疗程议程的NRG携手组深入研究(NCT04068103)。虽然还能够额外的数据资料集来解析这些见到,但这些结果证明了了基于ctDNA的MRD测定在不知晓的才会可接受的测定效能形态。

Taieb等人的深入研究利用了一对当初被证明了是CRC切除后病症就其的酪氨酸DNA标记物WIF1和NPY(ddPCR步骤),并将它们技术的发展于PRODIGE-GERCOR IDEA-France试验,将III期CRC病患者随机分为3个月 vs 6个月的辅助化疗。在对举行III期试验的III期CRC病患者透过的首次ctDNA-MRD风险评估之中,有13.8%的病患者术后为ctDNA-MRD中性,并被确认为独立的病症标志物。3 同时,深入深入研究也指出,与其他有别于NGS步骤的ctDNA-MRD深入研究相比,本深入研究之中ctDNA的中性率高于。阈值和PPV比方说低于NGS测定结果,ctDNA-MRD中性和阴性的5年DFS分别为65%和73%,尽管辅助疗程的和不理想的前深入研究样本处理似乎会对这些结果产生不良影响。该步骤比如说的是其相比简单,非常低的效率和潜在的重现性,不能够商业测定之中所见的专利测定步骤。正在透过的必要性深入研究将必要性风险评估大部分血红素ctDNA测定是否能够吻合风险评估MRD,以便对CRC病患者透过风险分层,并教导辅助疗程议程。

无论有别于何种步骤,大部分用血红素ctDNA-MRD测定来教导CRC病患者的疗程决定,能够有用且吻合的测定步骤。必需必要性必要性提极高大部分血红素ctDNA-MRD测定的阈值来确定哪些病患者可以从疗程降级之中得利,以避开不恰当地必必需极高危病患者接受高于其之中心的疗程。Parikh及其威尔森的深入研究得出,整合DNA组和表征DNA组以及纵向血红素风险评估,可显著必要性提极高大部分血红素ctDNA-MRD的阈值。相比之下,ctDNA-MRD测定的极高甲基化对于ctDNA作为一个完整的生物标志物来确定疗程升级是至关极为重要的。由于甲基化严重不足,;也中性的ctDNA-MRD似乎会使病患者接受可避免的强化疗程。Parikh及其威尔森的深入研究结果证明了,除制度化等位DNA外,还可以通过相结合表征DNA组酪氨酸形态的深入研究来保持甲基化。Taieb等人的深入研究步骤的军事优势在于必要性提极高了药理学形态的阈值和病症,但是,正如深入深入研究承认的那样,实际上的两个DNA酪氨酸标记似乎无法提供者与相结合制度化等位DNA步骤的效能形态。极为重要的是,这项工作也强调了标准化化深入研究前必须的极为重要性,因为各种提取步骤可以在很大程度上不良影响ctDNA的得率和无损。在将会的深入研究之中,这些深入研究前的考虑将变得越来越极为重要。

酪氨酸被纳入MRD测定的潜质是明确的,希望这些成果将之后必要性提极高下一代MRD测定的效能。总之,大部分血红素ctDNA-MRD的测定提供者了一个独特的机会,技术的发展于一种无创步骤来追寻疗程方案,并有似乎根除极高危病患者的微前列腺癌皮下。这些深入研究结果无疑为将会ctDNA-MRD教导的必要性药理学试验铺平了道路。

MRD,仅仅是一个快速发展的领域,我们预计近两年似乎会显现出另行的确凿,要么标示出出MRD测定的药理学益处的局限性,要么标示出出MRD测定的其他军事优势和另行用途。

参考资料:

1.Parikh Aparna R,Van Seventer Emily E,Siregna Giulia et al. Minimal Residual Disease Detection using a Plasma-Only Circulating Tumor DNA Assay in Colorectal Cancer Patients.[J] .Clin Cancer Res, 2021, undefined: undefined.

2.Bent A, Kopetz S. Going with the Flow: The Promise of Plasma-Only Circulating Tumor DNA Assays. Clin Cancer Res. 2021 Oct 15;27(20):5449-5451.

3.Taieb Julien,Taly Valerie,Henriques Julie et al. Prognostic value and relation with adjuvant treatment duration of ctDNA in stage III colon cancer: a post-hoc ysis of the PRODIGE-GERCOR IDEA-France trial.[J] .Clin Cancer Res, 2021, undefined: undefined.

4.Benson Al B,Venook Alan P,Cederquist Lynette et al. Colon Cancer, Version 1.2017, NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology.[J] .J Natl Compr Canc Netw, 2017, 15: 370-398.

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